Ceci dit je m'auto-réponds puisque j'ai continué à chercher (auprès pôle emploi, urssaf, tribunal de commerce), mais il semble qu'il y ait auto-entrepreneur et auto-entrepreneur.
Je m'explique : c'est un régime fiscal, mais qui ne dit rien de l'activité elle-même. Si cette activité en tant qu'auto entrepreneur (comme c'est mon cas) nécessite une inscription au registre du commerce ou à celui des métiers, alors Pôle Emploi considère qu'on est plus demandeur d'emploi, d'où radiation.
Je continue à vérifier ce point si ça peut être utile à d'autres.