Personnellement, j'ai préféré ne rien déclarer... Mes enfants sont nés à des périodes ou je n'étais pas surchargé de travail, j'ai choisi de ne pas faire entrer ça en compte.
A dire vrai, je ne sais pas exactement à quoi on a droit, ni comment s'y prendre, mais plusieurs de mes collègues m'ont conseillé de ne pas le faire (et je peux comprendre vu les soucis qu'on peut avoir avec PE pour des petites bricoles).
Si ça fonctionne comme un congé maladie, la période de congé paternité devrait être une période "gelée". Pas de jours indemnisé consommés et donc pas payé par PE pendant ce temps. Et ce doit être la sécu qui prend le relai. A confirmer...
Je te suggère de contacter PE et/ou la sécu (ou les deux, parce qu'il y a des chances que lorsque tu diras à la sécu que tu es intermittent, ils ne sachent pas de renseigner correctement...).
Désolé de ne pouvoir t'aider plus...